Obsah

Mgr. specializace: Bioinformatika

Absolvent bude schopen analyzovat rozsáhlé soubory biologických dat, zejména dat molekulárních.

Bude se na základní úrovni orientovat v molekulární biologii, bude rozumět jejím cílům a povaze strukturovaných i nestrukturovaných dat, která obor vytváří: DNA sekvence, struktury bílkovin, data exprese, interakce mezi bílkovinami, resp. bílkovinami a DNA, atd. Stane se odborníkem na statistické vyhodnocení výše uvedených dat a také na pokročilé metody dolování dat použitelné pro tyto rozsáhlé a heterogenní databáze. Uplatnění najde v komerční sféře  i výzkumu (doktorské studium, biologická a medicínská pracoviště AV).

Rozhovor s garantem doc. Jiřím Klémou

Proč byl vytvořen tento obor? Pro vznik oboru Bioinformatika jsou zásadní dva důvody. Předně jde o moderní obor, kde očekáváme zájem studentů a víme o zájmu zaměstnavatelů. Současně jde o disciplínu, ve které jsme… Zjistit více

O bioinformatice

Bioinformatika se zabývá shromažďováním, analýzou a vizualizací rozsáhlých
souborů molekulárně-biologických dat. Soustředí se na in silico (počítačové) vyhodnocení či doplnění dříve provedených in vitro (laboratorních) experimentů. Jedná se o ideální výzkumnou a aplikační oblast datových věd, protože pracuje s rozsáhlými a netriviálními daty (DNA sekvence, genová exprese, SNPs, proteinové struktury) a bohatou apriorní znalostí (grafy, ontologie, články). Bioinformatika také nabízí obrovský praktický dopad a publikační příležitosti. 

  

Příklady diplomové práce

  • Distribuované sestavování DNA sekvencí (využijte cloud-computingu k zefektivnění existujících algoritmů, které z krátkých čtení sestavují originální sekvenci)
  • Detekce intronů hub v půdních metagenomech (segmentace sekvencí, použití pravděpodobnostních modelů typu HMM nebo klasifikace pomocí SVM se speciálními sekvenčními kernely, 1000 genomů k dispozici, 90000 pojmenovaných hub, 1M může reálně existovat)

Garant specializace

 

 

Doporučený průchod studiem