Obsah

Nový MGR obor Bioinformatika - rozhovor s garantem doc. Jiřím Klémou

Proč byl vytvořen tento obor?

Pro vznik oboru Bioinformatika jsou zásadní dva důvody. Předně jde o moderní obor, kde očekáváme zájem studentů a víme o zájmu zaměstnavatelů. Současně jde o disciplínu, ve které jsme výzkumně aktivní.

Oba body se pokusím dále rozvést. FEL ČVUT přišlo mezi prvními českými univerzitami s příbuzným magisterským oborem Biomedicínská informatika. Učíme v něm již od roku 2011 a máme tedy na čem stavět. Později řada univerzit zavedla své bioinformatické obory. Ty se liší zaměřením, které lze odečíst z názvu zastřešujících programů (zjednodušeně od Biochemie po Aplikovanou informatiku). Vznik těchto studijních oborů svědčí o zajímavosti a přitažlivosti bioinformatiky. My bychom v novém oboru rádi vychovali informaticky zdatné datové analytiky se schopností základního vhledu do molekulární biologie. Bioinformatika do OI patří, vhodně se doplňuje s dalšími OI obory jako jsou Datové vědy a nezdvojuje přitom existující Biomedicínskou informatiku. Cílíme na informatičtěji orientované studenty.

Odborně se na FEL ČVUT zaměřujme na zpracování a integraci hromadných molekulárně-biologických dat s bohatou apriorní znalostí. Populárněji řečeno, procesy uvnitř buňky lze měřit pomocí paralelních technologií, které generují pro každý biologický vzorek rozsáhlá data. Ta jsou pro biology obtížně přímočaře vyhodnotitelná. Současně toho o buněčných procesech již hodně víme a tato znalost je formalizovaná ve formě obecných grafů, ontologií, či jenom tvrzení ve vědeckých článcích. Nabízí se nové znalosti generovat z naměřených dat a znalostí současných. V tomto širším tématu jsme v posledních 5 letech publikovali nejméně 15 článků v impaktovaných mezinárodních časopisech.

Jaké mají možnosti absolventi?

Nejpřímočařejší je v danou chvíli uplatnění jako bioinformatik na lékařských pracovištích, fakultách nebo v ústavech Akademie věd. Odborníky, kteří se současně orientují v informatice a molekulární biologii, lze v současném Česku jednoduše spočítat a jejich potřeba je výrazně vyšší. Komerční bioinformatické firmy samozřejmě také existují a očekává se jejich další prudký růst. Bioinformatické společnosti se pravidelně objevují na předních místech startup žebříčků. Předpokládáme také časté pokračování v doktorském studiu.

Můžete prosím uvést předmět, který je pro studenty přitažlivý svým názvem/obsahem? Řekněme "vlajkový předmět"?

Pro nás je bezesporu vlajkovým předmětem Bioinformatika. Studenti se tu naučí zpracovávat DNA sekvence (sestavovat je z krátkých čtení, zarovnávat nebo modelovat pomocí markovských modelů). Dále se naučí sestavovat evoluční stromy, statisticky zpracovávat data genové exprese nebo modelovat prostorové struktury bílkovin.

Kdo za oborem stojí?

Za oborem stojí zejména lidé z výzkumné skupiny Inteligentní datové analýzy. V bioinformatice jsou aktivní Jiří Kléma, Filip Železný, Michael Anděl, Karel Jalovec nebo František Malinka. Jde o skupinu, která stojí na pomezí strojového učení, dolování dat a bioinformatiky. Učitelů bude ale samozřejmě mnohem více. Molekulární biologii budou naši studenti navštěvovat na Přírodovědecké fakultě UK, konkrétně kurz Martina Pospíška.

Děkujeme moc za rozhovor. Do tohoto oboru se můžete pro akademický rok 2016/2017 hlásit do 31.3.2016.

 

  • doc. Jiří Kléma
  • garant oboru Bioinformatika